Terbentuknya danau di tempat itu karena adanya letusan hebat sebanyak tiga kali.
Pada letusan pertama menghasilkan kaldera atau danau di sisi selatan. Lalu letusan kedua membentuk kaldera di sisi utara.
Sedangkan letusan ketiga, yang juga letusan terbesar itu mengubah Gunung Toba menjadi Danau Toba.
2. Ada Pulau Vulknik
Keunikan lain dari Danau Toba adalah adanya pulau vulkanik yang dijuluki pulau di atas pulau.
Julukan itu merujuk bahwa Pulau Samosir yang ada di dalam Pulau Sumatra.
Pulau Samosir ini adalah pulau yang ada di tengah Danau Toba.
Selain Pulau Samosir, ada beberapa pulau kecil lain yang ada di dalam Danau Toba, yaitu Pulau Sibandang, Pulau Tao, Pulau Tolping, dan Pulau Tulas.
3. Ada Danau di Dalam Danau
Hal unik lain adalah adanya danau di dalam Danau Toba, atau tepatnya di dalam Pulau Samosir.