Di tingkat atas, Husein Mutahar memilih untuk bersekolah di Algemene Middlebare, Yogyakarta. Saat itu, dia mengambil jurusan Sastra Timur dengan peminatan bahasa Melayu.
Setelah lulus, Husein berhasil melanjutkan ke Universitas Gadjah Mada (UGM) dan mengambil jurusan hukum.
Tapi, ia mengenyam pendidikan tinggi di UGM hanya selama satu tahun karena memilih untuk bergabung dalam gerakan revolusi nasional.
Sepanjang kariernya, Husein Mutahar pernah menjabat sebagai Sekretaris Panglima Angkatan Laut RI, pegawai tinggi di Sekretariat Negara.
Salah satu jasa terbesar Mutahar untuk Indonesia adalah menyelamatkan Sang Saka Merah Putih.
Gagasan Paskibraka
Paskibraka pertama kali muncul dari ide Husein Mutahar pada 1946.
Saat itu, bangsa Indonesia hendak memperingati HUT Kemerdekaan RI untuk pertama kalinya di Yogyakarta yang menjadi Ibu Kota Indonesia pada masa itu.
Husein Mutahar yang saat itu merupakan ajudan Presiden Indonesia Soekarno, mendapat tugas untuk menyiapkan pengibaran bendera pusaka di halaman Istana Gedung Agung Yogyakarta.
Saat itulah, Husein Mutahar menyampaikan ide bahwa sebaiknya pengibaran bendera pusaka dilakukan oleh para pemuda dari seluruh penjuru Tanah Air.