Tak lama Marquez disusul oleh Bagnaia. Marquez berjuang untuk mempertahankan kecepatan di Sirkuit Motegi yang terkenal sebagai sirkuitnya Honda. Namun di lap keenam kemudian disalip oleh Jorge Martin.
Pada lap keenam Aleix berada di posisi pertama, diikuti Bagnaia di posisi kedua, Jorge Martin di posisi ketiga dan Marco Bezzecchi di posisi keempat yang menggusur Marquez ke posisi kelima.
Jorge Martin yang sedang di puncak performanya kemudian menyalip Bagnaia dan Aleix Espargaro sehingga memimpin balap. Adapun di lap kedelapan Aleix berada di posisi kelima setelah disalip Bezzecchi.
Di lap kedelapan, Martin memimpin balapan dibuntuti Bagnaia di posisi kedua. Marco Bezzecchi berada di tempat ketiga dan posisi keempat ditempati pebalap satelit Aptilia Miguel Oliveira.
Perlahan tapi pasti Martin mulai memperlebar jarak dengan Bagnaia. Di lap kesembilan gap waktu Martin dengan Bagnaia nyaris 1 detik.
Di sisi lain di lap ke-11 Marc Marquez kini berada di posisi keempat di atas Aleix Espargaro dan Miguel Oliveira di posisi keenam. Sedangkan jarak antara Martin dengan Bagnaia melebar menjadi 1,3 detik.
Marquez yang berada di posisi keempat melihat ada peluang berusaha terus menyodok Bezzecchi dan akhirnya bisa menyalip posisi ketiga di lap ke-12. Marquez kemudian memburu Bagnaia yang jaraknya tidak terlalu jauh yaitu setengah detikan.
Di lap ke-13 jarak Martin dengan Bagnaia sekitar 1,2 detikan. Namun hujan tambah deras dan akhirnya bendera merah alias red flag berkibar di sisa balapan 11 lap lagi dan balapan dihentikan menunggu sampai cuaca membaik.
Di lap ke-13 jarak Matin dengan Bagnaia sekitar 1,2 detikan. Namun hujan tambah deras dan akhirnya bendera merah alias red flag berkibar di sisa balapan 11 lap lagi.
Balapan kemudian berlanjut dengan start diam di grid memakai posisi yang sama seperti sebelum red flag. Namun kembali red flag karena kondisi trek yang tidak memungkinkan.