4. Mandala Airlines RI 091 (September 2005)
Pesawat Boeing 737-200 milik Mandala Airlines dengan nomor penerbangan RI 091, jatuh di kawasan Padang Bulan, Medan, Sumatera Utara, 5 September 2005..
Pesawat jurusan Medan-Jakarta ini mengangkut 116 orang (111 penumpang dan 5 awak). Hanya 17 penumpang yang selamat, dan 44 orang di darat turut menjadi korban.
5. Adam Air KI-574 (1 Januari 2007)
Pesawat Adam Air nomor penerbangan KI-574 jurusan Surabaya-Manado, jatuh di perairan Kalimantan.
Kotak hitam ditemukan di kedalaman 2.000 meter pada 28 Agustus 2007. Seluruh penumpang dan awak yang berjumlah 102 hilang dan dianggap tewas.
6. Garuda Indonesia GA-200 (7 Maret 2007)
Pesawat Garuda Indonesia nomor penerbangan GA-200 jurusan Jakarta-Yogyakarta, meledak saat mendarat pada 7 Maret 2007 pukul 06:55 WIB di Bandar Udara Adi Sutjipto Yogyakarta, setelah lepas landas dari Bandara Soekarno-Hatta pukul 06:00 WIB.
Pesawat ini membawa 133 penumpang, 1 pilot, 1 copilot, dan 5 awak kabin. Korban tewas 22 orang (21 penumpang dan 1 awak pesawat).
7. Merpati Nusantara Airlines (2 Agustus 2009)
Merpati Nusantara Airlines berjenis pesawat Twin Otter, hilang di Papua. 15 penumpangnya tewas.
8. Merpati 8968 (7 Mei 2011)
Merpati Nusantara Airlines nomor penerbangan 8968 jatuh di perairan dekat Bandar Udara Utarom, Kaimana, Papua Barat. 25 penumpang tewas.